计算机软件反向工程虽然能提高软件质量、加强程序员之间的交流，然而由于计算机软件本身的特点，如果软件反向工程被滥用，则会引起种种危害。这些危害包括：

　　(一)侵犯原创者的利益

　　一款计算机软件研发出来，需要耗费原创者很多成本。这些成本包括人力、物力、财力，如果有人用计算机软件反向工程重新制作软件，则有可能危害软件研发者的利益。比如以Photoshop为例，Photoshop是一款商业软件，它是需要将软件投放市场赢得利润，如果利用计算机软件反向工程将软件的验证密码破译，并且随意更改软件的功能，那么软件制作公司的商业利益则受到侵犯。

　　(二)引起不当的竞争

　　由于计算机软件的特点，如果有人通过计算机软件反向工程将软件的功能模块提取并且修改，作为另一款商业软件投放市场，那么由于反向工程并不需要投入太多的研发成本，它需要花费的成本极少。以这种方式进入市场竞争，是对软件原创者的不公平。比如360软件开发出软件医生，腾讯软件也紧随着开发功能几乎完全一致的软件医生，它将这样的软件与QQ软件捆绑投入市场，该种竞争行为属于性质恶劣的不当竞争。

　　(三)扼杀软件的创造力

　　如果计算机软件反向工程的作品投放在市场上，它能给软件原创者巨大的冲击。它不仅会削弱原创软件的竞争力，还会使软件设计者受到极大的经济损失。如果反向工程不能得到必要的限制，那么长此下去，很多计算机程序员都会热衷于用软件反向工程获得经济利润而不愿意做创造软件这种吃力不讨好的事情。因此，反向工程可能会极大挫创软件设计者的创造性，使市场上很难再有创新的软件。