被告可以从通过反向工程获得商业秘密、正当手段抗辩、合法来源抗辩、无违约违规、善意使用、不存在因果关系、获得利小等方面举证，得出不侵权结论或侵责任比较小的结论。详细说明如下：

　　一、被告可从通过反向工程获得商业秘密抗辩：可以通过反向工程获得商业秘密并不于是通过反向工程获得商业秘密。《最高人民法院关于审理不正当竞争民事案件应用法律若干问题的解释》第12条第一款规定，通过自行开发研制或者反向工程等方式获得的商业秘密，不认定为反不正当竞争法第十条第(一)、(二)项规定的侵犯商业秘密行为。这表明，反向工程是合法的。该条进一步规定，前款所称“反向工程”，是指通过技术手段对从公开渠道取得的产品进行拆卸、测绘、分析等而获得该产品的有关技术信息。当事人以不正当手段知悉了他人的商业秘密之后，又以反向工程为由主张获取行为合法的，不予支持。这一规定又表明，如果当事人可以通过反向工程获得商业秘密，但不是通过反向工程获得的，而通过不正当手段获得的，仍然是侵权行为。

　　因此，当事人用反向工程抗辩应当注意，被告所取得的商业秘密是通过反向工程取得的，并能提供有关证据，如产品发票、供货合同、反向工程过程的详细文字记录或者录像、反向工程研究结果和实物对象等。原告的商业秘密可以通过反向工程取得，并不能作为反向工程抗辩。

　　二、正当手段抗辩：被告证明其所获得的商业秘密是通过正当手段获得的。例如，甲想用乙相同的方式生产药品。为了发现配方，甲聘用了高级技术人员，经过对乙的药品进行分析化验，果真发现了乙的配方，并用于生产。在这里，甲是通过正当手段获取乙的配方，因而不是侵权行为。

　　三、合法来源抗辩：被告虽然使用了与原告相同的商业秘密，但不是通过侵权获得，而是通过向拥有该商业秘密的第三人转让获得或者经第三人许可使用或者是自行研究开发取得等。

　　四、无违约违规举证：被告举证证明是如何恪守有关保密协议或合同，如何遵守原告有关商业秘密的保密规定等。被告举证证明所实施的行为，不是保密协议、竞业限制协议或保密规定所约束的行为;或者过了协议中规定的保密期限，不受协议的约束，因而没有违反保密协议或者竞业限制协议的约定或保密约定。

　　五、善意使用举证：被告善意使用可能有以下二种情况：一是原告的疏忽。原告未声明保密的情况下，泄露其商业秘密，或由于原告保密管理不善导致商业秘密流失，被告得到该商业秘密。二是被告善意地从第二人那里获得原告的商业秘密。

　　六、无因果关系举证：被告如果能证明原告所遭受的损失主要不是由于侵权造成的，而是由于其他原因，如市场的变化、原告自已的过失等造成的，从而得出不负侵权责任的结论;或者被告证明其侵权不是造成损失的主要原因，从而得出侵权责任比较小的结论。

　　七、获利小的举证：被告虽然侵权，但能证明获利很小或者没有获利。由于获利的大小也是决定赔偿额的大小的一个因素，如果被告能证明其获利很小，或者对原告所造成的损失不大，则承担较小的赔偿责任。