权利人除以民事、刑事诉讼方式外，还可以向工商行政管理机关申请查处侵权行为，并对侵权人的行为进行处罚以保护自己的商业秘密。工商行政管理机关根据当事人申请，及时进行调查，收集并调取证据，并可扣留被申请人以不正当手段获取权利人的载有商业秘密的图纸、软件及其他有关资料，责令被申请人停止销售使用权利人商业秘密生产的产品等。最后根据查明的事实，对侵权人处以行政处罚。

　　商业秘密的行政保护问题。实质上，与民事、刑事诉讼保护方式相比，工商行政管理机关对于商业秘密侵权案件的处理更为高效、快捷。工商行政管理机关在受理案件后会迅速的展开行动制止侵权行为，及时进行调查，收集、调取证据，且处理的周期短。同时，工商行政管理机关处理商业秘密侵权案件是不收费的，从而减轻了商业秘密权利人的经济负担。

　　根据《工商行政管理机关行政处罚程序规定》、《关于禁止侵犯商业秘密行为的若干规定》以及《反不正当竞争法》的相关规定可知，权利人选择采取行政救济方式保护自己的商业秘密时，首先，应确定管辖的工商行政管理机关。一般而言，县级、市级工商管理机关管辖本辖区内发生的案件，省级工商管理机关管辖本辖区发生的重大、复杂案件，而国家工商管理机关则管辖跨区重大、复杂案件;其次，权利人在向工商行政管理机关申请查处侵权人的侵权行为时，应提供商业秘密存在及侵权行为发生的相关证据。若权利人能够证明被申请人所使用的信息与自己的商业秘密相同或类似，同时能够证明被申请人有获得其商业秘密的条件，而被申请人不能或不提供所使用的信息具有合法来源的证据时，工商行政管理机关可根据有关证据，认定被申请人存在侵权行为;再次，对被申请人违法披露、使用、允许他人使用商业秘密将给权利人造成不可挽回的损失的，应权利人请求并由权利人出具自愿对强制措施后果承担责任的书面保证后，工商行政管理机关可以责令被申请人停止销售使用权利人商业秘密生产的产品;最后，根据所查明的证据和案件事实，工商行政管理机关依法作出处罚，包括责令停止违法行为和对侵权人处以1万元以上20万元以下的罚款。但应注意的是，工商行政管理机关只对侵权人进行行政处罚，不对侵权赔偿作裁定，只进行调解。

　　之后，若侵权人拒不执行处罚决定或继续实施侵犯商业秘密行为的，则视为新的违法行为，由工商行政管理机关对其予以从重处罚。另外，商业秘密权利人应当注意到，在向行政机关举报的同时，或在工商行政管理部门制作行政处罚决定书后(行政处罚决定书具有法定的证据效力)，还可就相关赔偿事宜向人们法院提起诉讼，要求侵权人给与赔偿，以最大化的实现自己的权利。