有关软件著作权的纠纷发生以后，如果当事人之间不能自行解决，则可以通过下列方法：

　　1.第三人调解

　　第三人调解是指在第三人主持下，由纠纷当事人自愿协商、互谅互让、达成协议的活动。这里的第三人可以是当事人认可的公民个人，也可以是社会团体、行政部门(包括著作权行政管理部门)。

　　根据著作权法第48条和第49条以及软件保护条例第34条和第35条的规定，软件著作权侵权纠纷和软件著作权合同纠纷都可以采用调解方法。著作权法和软件保护条例没有规定由谁调解，因而调解人范围广泛。

　　第三人调解不是解决侵权纠纷和合同纠纷的必经程序。对于侵权纠纷，当事人不愿调解的，可以直接向法院起诉;对于合同纠纷，当事人可以申请仲裁，也可以直接向法院起诉。

　　由于第三人调解是诉讼外的调解，不具有法律效力，所以这种情况下的调解协议不具法律上的强制性。如果一方反悔，则调解协议就失去效力，纠纷依然存在。

　　2.仲裁

　　软件著作权合同纠纷的当事人，根据事先或事后达成的协议，将其争议提交著作权仲裁机构，由该机构以公断人身份，对争议的事实和权利义务关系作出判断和裁决以解决该纠纷的活动就是仲裁。

　　仲裁并非解决软件著作权合同纠纷的必经程序。在合同中没有仲裁条款和事后没有达成书面仲裁协议的情况下，当事人可以直接向法院起诉。

　　仲裁机构仲裁与第三人调解的根本不同点，是仲裁机构享有裁决权，有权对争议的事实和权利义务关系进行判断和裁决，当事人应当履行仲裁裁决。当事人一方不履行裁决的，另一方可以申请法院执行。因此，仲裁机构的裁决是有法律效力的，具有执行力。而对于第三人调解的协议当事人可以反悔和不执行。

　　仲裁机构的裁决之所以具有法律效力，是因为：

　　第一，仲裁是针对软件著作权合同纠纷的。既有合同，就表明当事人对于他们之间的权利义务关系有过事先的约定。只要合同内容不违反法律，当事人意思表示真实，当事人又是符合有关法律、法规规定的合格主体，那么，合同从成立时起就对当事人有法律约束力。这样，仲裁机构就不是把自己的意思强加于合同纠纷当事人，而是根据当事人之间有法律约束力的合同进行裁决。

　　第二，仲裁机构的裁决权与当事人的处分权密切相关。仲裁以当事入各方自愿申请为前提。当事人各方的申请，不仅是形式上的申请，而且是将对于当事人之间实体的权利义务关系的确认权交由仲裁机构处理，实际上是赋予仲裁机构对当事人各方的权利义务的处分权。因此，仲裁机构的裁决权是申请仲裁的当事人各方授予的。

　　仲裁裁决虽有法律效力，但又不是不可推翻的。当事人一方不履行仲裁裁决，另一方可以申请法院执行。如果法院发现仲裁裁决违法，有权不予执行。这时，仲裁裁决就因被法院认定违法而失去法律效力。合同纠纷依然存在，当事人可以就此向法院起诉。

　　有关法律、法规关于软件著作权合同纠纷的仲裁规定，具有这样的特点：或裁或审，裁审择一;一次裁决，终局生效;除裁违法，不得起诉。

　　我国著作权法实施条例规定由国务院著作权行政管理部门(即国家版权局)负责批准设立著作权合同纠纷仲裁机构，并监督、指导其工作。1994年7月，国务院办公厅已明文通知，由国家版权局负责软件著作权行政管理工作。因此，软件著作权合同纠纷仲裁机构也应由国版权局负责批准设立(或由著作权合同纠纷仲裁机构承担此项工作)，并监督、指导其工作。

　　3行政处理

　　软件著作权侵权纠纷中的一方，可以就他所认为的另一方的侵权行为请求著作权行政管理部门作出行政处理。同时，著作权行政管理部门可以针对侵权事实，自行决定立案处理。

　　国家版权局先后发布的《对侵犯著作权行为行政处罚的实施办法》和《著作权行政处罚实施办法》具体规定了行政处理的各项事宜。

　　4民事诉讼

　　在下列情况下，软件著作权纠纷当事人可以提起民事诉讼：

　　(1)软件著作权侵权纠纷发生后，当事人不愿请求调解，或调解不成，或调解达成协议之后一方反悔的;

　　(2)软件著作权合同纠纷发生后，当事人不愿请求调解，或调解不成，或调解达成协议后一方反悔的;合同中没有订立仲裁条款、事后又没有书面仲裁协议的;合同中订有仲裁条款或事后订有书面仲裁协议，经仲裁裁决后一方不履行而另一方申请法院执行，法院认定仲裁裁决违法而不予执行的。

　　5行政诉讼

　　第一种情况，当事人(被处罚人或受害人)如果对著作权行政管理部门就软件著作权侵权行为所作的行政处罚不服，有权提起行政诉讼。提起行政诉讼的诉讼时效期间，有关法律、法规规定为收到行政处罚决定书三个月内。三个月期满，当事人如果既不履行行政处罚决定，也不提起行政诉讼，著作权行政管理部门可以申请法院执行。

　　值得指出的是，著作权行政管理部门对于软件著作权侵权纠纷的管辖，属于行政机关对于民事争议的管辖，其管辖权为不完全管辖权。即，软件著作权行政管理部门作出裁决后，当事人如果不服，可以向法院提起行政诉讼。这时，软件著作权行政管理部门成为被告，诉讼是行政诉讼附带民事诉讼。通过行政诉讼解决行政裁决的合法性问题，从而解决当事人与软件著作权行政管理部门之间的行政争议;通过附带民事诉讼解决当事人之间原存在的、通过行政处理尚未解决的民事争议。

　　第二种情况，软件著作权登记申请人在申请被驳回后，可以向软件著作权登记复审委员会请求复审。在复审决定维持驳回决定时，申请人如果不服，依《行政复议条例》第47条

　　规定，可以向法院提起行政诉讼。

　　第三种情况，与维持或撤销软件著作权登记有利害关系的当事人如果对软件著作权登记复审委员会作出的关于维持或撤销软件著作权登记的复审决定不服，也可以依据《行政复议条例》第47条规定，向法院提起行政诉讼。

　　6刑事诉讼

　　《关于惩治侵犯著作权的犯罪的决定》和新刑法的先后施行，使我国对于软件著作权纠纷的处理方式又增加了一种一一刑事诉讼。

　　对于侵犯著作权行为的刑事诉讼，可以由被侵权人或利害关系人提起自诉，也可以由检察机关立案侦察后提起公诉。著作权行政管理机关在查处侵犯著作权行为时，如果发现侵权人违法所得数额较大或有其他严重情节，可能构成犯罪的，应移送检察机关追究其刑事责任。

　　在依法追究侵犯著作权的犯罪人员的刑事责任之后，仍然不能免除犯罪人员因造成被侵权人损失而应承担的民事责任。受害人可以根据刑事诉讼法第53条的规定，提起附带民事诉讼，请求赔偿。法院应当根据情况依法判决赔偿损失。受害人也可以另行提起民事诉讼。