(一)主体问题

　　商业秘密的权利主体可以是包括法人、自然人、个体工商户、个人合伙等等。

　　商业秘密的权利主体非常广泛，可以讲通过合法手段获取了商业秘密并合法控制了它的人都是商业秘密的主体。原告在诉讼当中，必须证明其是讼争的商业秘密的合法主体，既可以是自己开发形成的也可以是继受获得的。

　　商业秘密的侵权主体即被告是实施了侵犯原告商业秘密权利的人。我国《反不正当竞争法》将侵害商业秘密的主体限定为“经营者”，经营者的规定不能涵盖商业秘密的主体，即侵犯商业秘密的主体不局限于经营者。而一般情况下，经营企业很难直接获取其他企业的商业秘密，多是通过接收其他企业的员工，而获取商业秘密，即商业秘密侵权行为的发生，往往是由于企业员工“跳槽”引起。所以，在司法实践中，受害人会把获取商业秘密的企业连同“跳槽”员工一起作为被告，要求其承担连带侵权责任。还有一种情形，“跳槽”员工违反保密义务，泄露所任职公司的商业秘密，而其所在公司客观上无法向获取商业秘密的人主张权利，此时，商业秘密权利人会以该“跳槽”员工为被告，要求其承担侵害商业秘密的侵权责任。商业秘密权利人在上述两种情形下的诉讼请求，人民法院应否予以支持值得探讨。非法获取商业秘密的企业作为同业竞争者、经营者，让其承担侵权责任应该说没问题，但“跳槽”员工并不属于“经营者”的范畴，有必要运用民法解释学的方法对上述情形予以解释。运用民法解释学的方法，可扩张《反不正当竞争法》所确立的“经营者”、“同业竞争关系”的范畴。使“跳槽”员工纳入《反不正当竞争法》所调整的主体范畴。值得注意的是，侵权企业通过跳槽员工获取商业秘密，进而获取竞争优势，不一定是在与商业秘密权利人竞争时发生，也可能是与商业秘密权利人以外的其他经营者竞争时产生竞争优势。这样，“经营者”的内涵可界定为：经营者或参与了经营者竞争行为之人。此时，判决泄密的“跳槽”员工承担侵害商业秘密的侵权责任顺理成章，并未超出《反不正当竞争法》所调整的主体范畴。

　　(二)管辖问题

　　目前，依据最高法院的相关司法解释，涉及商业秘密的民事案件都由中级人民法院管辖，但涉嫌商业秘密的刑事案件却可以由基层人民法院管辖。从理论上来讲，刑事程序应当更加严格，相应地，在商业秘密犯罪案件的级别管辖上也应当要求更高。因此，无论是从发案率还是从案件的疑难复杂程度方面来说，商业秘密犯罪案件都以中级人民法院管辖为宜。从司法实践的角度分析，由基层法院管辖商业秘密刑事案件存在着难度：一方面，由于我国的现实国情，商业秘密案件发案率不高，有时一个基层法院一年内都碰不到一个案件，因此，无论是作为公诉人的检察官还是作为审判案件的法官，对此类案件都比较生疏，办理商业秘密犯罪案件，难免不得要领;另一方面，商业秘密犯罪案件中涉及很多专业性极强的问题，由基层法院来审理，无论是从法官素质的角度，还是从慎重对待案件当事人的角度，都是不适宜的。此外，司法不独立在基层司法机关表现尤甚，刑事程序的发动往往具有随意性，使得刑事司法成了地方保护主义的“有力武器”。因此，无论是从保证案件质量的角度，还是从避免地方保护主义的角度，由中级人民法院来管辖商业秘密刑事案件都更为适宜。

　　(三)商业秘密的刑民交叉问题

　　首先，商业秘密的法律保护应当加强，但不能实行“刑事优先”。对商业秘密加强保护是必要的，也是必然的趋势。但是，无论是从我国的现实国情来看，还是从刑法本身的性质而言，都应当切忌搞“刑事优先”。侵权未必就构成犯罪，是否需要通过刑法来调整，应当慎重考虑。从民事侵权到刑事犯罪之间，确实存在一条界限，这条晃限的划定与国情及刑法功能有关。保护商业秘密权利人的合法权益是必要的，但是滥用刑法、任意入罪，有悖于刑法的保障机能。

　　在商业秘密的法律保护方面，应当坚持“先民后刑”的司法理念，应当始终坚持刑法的补充性原则，摒弃刑法第一性的错误观念与做法。司法实践中之所以“刑事优先”屡禁不止，一方面是传统的泛刑主义思想作祟，动辄进行刑法打击，视刑法为万能的灵丹妙药;另一方面，也反映了司法对地方行政的依附性，司法不独立，为了维护地方经济利益，轻易动用刑法手段打击竞争对手。打击犯罪是为了保障社会、维护公平竞争的市场秩序，但如果轻易动用刑法工具，很可能使刑法异化为不公平竞争的工具，这对社会主义市场经济的健康发展是极为不利的。

　　商业秘密犯罪案件在诉讼形式上属于相对自诉案件，通常情况下只能由被害人通过自诉途径维护自己的合法权益，只有造成国家利益重大损失的，才能成为公诉案件。实践中大量的商业秘密犯罪案件也都是作为自诉案件来处理的，这主要是考虑到商业秘密刑事案件一般是基于合同争议、民事侵权而引发的纠纷，而且这类案件通常在民事方面的争议很大，在很多方面存在模糊点。

　　近年来，随着我国知识产权保护力度的不断加大，权利主体的自我保护意识也日益增强。在当前的司法实践中，侵犯专利、商标的犯罪案件一般采取公诉的模式，而侵犯商业秘密涉嫌犯罪的案件则大多采用自诉模式。但如果权利人没有办法收集证据，也可以走公诉程序，但涉及商业秘密的案件则一般不宜实行公诉。

　　其次，在商业秘密法律保护的证明标准上，应当注意刑民有别。在商业秘密的法律保护问题上，不但要注意“先民后刑”，还应当考虑到刑民证据的差异性问题。民事案件中采用优势证据规则，但在刑事案件中必须要求至少排除合理怀疑时方可定罪，这种证明标准方面的差异，要求我们在商业秘密刑事案件的认定中不能降低刑事证明标准而轻易入罪。因为侵犯商业秘密犯罪是法定犯，很多前置性的问题都涉及到民事方面的法律法规，在证明上不能由民而入刑、简单对接，否则将会导致商业秘密侵权与犯罪之间的界限丧失。就民事赔偿角度而言，在无法计算出权利人的损失时，以侵权人的获利来计算权利人的损失，使侵权人回复到没有非法使用该商业秘密以前的状态是可以的;但在刑事上，以侵权人的获利数额来认定侵犯商业秘密所造成的损失，就很难说是恰当的。因此，在刑事案件中，就应当要求公诉机关或者商业秘密的权利人证明其直接经济损失的实际情况。