一般来说，一份完整的商业秘密许可协议的正文部分应当包含以下内容：

　　(1)合同标的，即许可使用的技术秘密的内容。协议应当明确许可使用的技术秘密的名称和内容。

　　(2)授权范围。根据《最高人民法院关于审理技术合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》第二十五条的规定，技术秘密许可使用主要分为独占许可使用、排他性许可使用和普通许可使用和再许可四种形式，这些方式所包含的转让人和受让人的权利义务均不相同，关系到切身利益。因此，当事人应当就其协商的许可方式进行确认。根据法律的规定，当事人没有约定或者约定不明确的，法律确定为普通实施许可。因此，对于由特殊授权方式的商业秘密许可，应当在许可协议中对许可的具体方式做出确认。

　　(3)许可使用费及支付方式。支付许可使用费是受让人的最主要的义务，也是权利人进行授权许可的最直接的目的。因此，在商业秘密许可协议中，应当对受让人支付使用费的数额、支付方式、支付时间进行明确约定。

　　(4)许可使用的时间和期限。有的技术秘密有其存在的法定期限，如《合同法》第三百四十四条规定：“专利实施许可合同只在该专利权的存续期间内有效”。但绝大多数的技术秘密的存在是没有法定期限的，只要它一直被权利人处于秘密保护状态，就具有商业秘密价值。因此，这就需要技术秘密权利人对于受让人使用该技术秘密的时间和期限进行约定。

　　(5)保密义务。技术秘密的秘密性是其存在的价值基础，因此，在商业秘密协议保密协议中，双方当事人应当对双方当事人的保密义务予以明确。

　　(6)期限届满后转让人和受让人的权利义务。这在很大程度上将影响着该技术秘密的后续使用。如在本案中，FX公司通过与研究院约定期限届满后，FX公司的后续独占使用权，才使得其在本案中的合法原告资格，否则，FX公司将面临败诉的风险。

　　(7)违约条款及解决争议的方法。一般来说，一旦发生纠纷，双方应当抱着相互协商的态度，协商不成的，可以提交当地仲裁机构仲裁或者直接提起诉讼。

　　从本案中的履行中可以看出，一项商业秘密的许可纠纷将伴随从协议签订，商业秘密开始使用到协议履行完的始终，甚至到该协议履行完毕的若干年后都有可能引发一系列的纠纷。这就需要商业秘密的转让人和受让人对其商业秘密的许可协议予以充分协商，尽可能地将解决方式予以事先约定，未雨绸缪，防范于未然，以最大限度的减轻纠纷的发生。

　　商业秘密许可协议是商业秘密权利人与其他企业或个人签订的，约定双方权利和义务，规范双方行为的书面文本合同。一份完整的商业秘密许可协议应当包含以下内容：合同标的;授权范围;许可使用费及支付方式;许可使用的时间和期限;保密义务;期限届满后转让人和受让人的权利义务;违约条款及解决争议的方法。