根据前述相关司法解释，《刑法》所谓“重大损失”即指“给商业秘密的权利人造成损失数额在50万元以上”，这样，司法实践中对“重大损失”的认定都将落脚到一定的金钱数额上，而“侵犯商业秘密致使权利人丧失竞争优势，倒闭、破产”、“侵犯商业秘密致使权利人声誉、信誉严重受到影响”、“侵犯商业秘密致使权利人死亡”、“侵犯他人商业秘密势必造成无可挽回的损失”等认定标准则基本无法直接适用。当前刑法理论界对侵犯商业秘密罪重大损失认定主要有以下几种观点。

　　(1)认为商业秘密的损失计算应按以下两种方式进行：一是以商业秘密权利人因侵权行为遭受的损失作为定罪量刑和实际赔偿的依据。商业秘密权利人可计算的财产、收入方面的损失应全部作为损失的数额。这里既包括权利人本身的收入，也包括权利人预期的若干年内收益。二是以侵权人因侵权行为获得的利益作为损失和赔偿额。对于非法将商业秘密出卖给他人的，以其非法出卖收入为损失额;违法使用商业秘密进行生产经营活动的，以其因此而获得或增加的利润为损失额。

　　(2)正确认定损失额，应依据民法原理确定损失的范围，受害人遭受的损失，是指实际损失，而实际损失既包括直接损失也包括间接损失，具体计算时要采取正确的计算方法。在确定犯罪行为给权利人造成的损失时，充分考虑以下因素：①取得商业秘密的成本;②使用或保持商业秘密所产生的现实的经济利益或竞争优势;③将侵权人使用商业秘密之前的获利状况与使用之后的获利状况加以比较，可以从一方面反映出权利人损失的大小;④合理预期的将来利益。

　　(3)商业秘密是一种无形财产，因此在计算其损失时有不同于有形财产的特点，应当根据无形财产的特点对其损失加以认定。具体计算时应采用“预期收益法”，将无形资产若干年的预期利润，与折现率或资本化率相除，得出，预期利润，即将未来预期的收益进行资本化处理。

　　在当前司法实践中，如何理解“给商业秘密的权利人造成损失”，也有较大争议，实践中采用的标准下面将进一步阐述。