商业秘密刑事保护的正当根据主要有3个：商业秘密财产权理论、激励机制的创造、侵犯商业秘密行为的社会危害性。其核心根据是激励机制的创造，即通过对商业秘密设立产权制度并对其进行刑事保护，可以有效地解决商业秘密的外部性问题，从而创造出一种激励机制，以激励技术开发和促进社会发展。这是商业秘密刑事保护的终极目的。依循这样的逻辑，商业秘密刑事保护的价值取向应当定位为效率本位、兼顾公平，即刑事手段的目的不在于使商业秘密权利人个人效益最大化，而是在于创造和维持一种激励机制以促使社会总效益最大化，商业秘密刑事保护的社会利益应当大于保护商业秘密而产生的社会成本，与此同时，还应兼顾协调和平衡商业秘密刑事保护中不同主体之间的利益冲突。

　　(1)设定较高的刑事保护门槛，弱化对商业秘密的刑事保护，如提侣轻刑化，自由刑短期化、缓刑化;积极推行刑事和解;刑事案件中对商业秘密的认定标准应当比民法更严格;慎重处理员工“跳槽”案件，只应将员工故意带走企业的核心机密的情形，才当成犯罪处理;等等。

　　(2)在现行法律框架之下，侵犯商业秘密罪中“重大损失”认定模式不仅应当区分技术信息和经营信息，还应当区分侵犯商业秘密后不同的用途。建议以后修订立法时以商业秘密的自身价值取代商业秘密权利人的经济损失作为刑事追诉标准。

　　(3)构建科学的商业秘密司法鉴定机制，如明确商业秘密鉴定的性质和作用、确定商业秘密鉴定的范围、严格控制鉴定机构和鉴定人的资质、规范鉴定结论的形式、统一商业秘密的技术标准和操作规范、赋予当事人更多的权利、对鉴定结论进行严格审查、建立专家证人和专家陪审员制度等。

　　(4)合理设计侵犯商业秘密刑民交叉案件处理模式，如严格限制侵犯商业秘密刑事附带民事诉讼的受案范围;在民事案件审理过程中，被害人又提出刑事自诉的，则应当实行民事附带刑事诉讼;民事法官在审理过程中发现构成犯罪嫌疑且“严重危害社会秩序和国家利益的”，应当采取“先民后刑”的方式;民事法官在审理过程中发现构成犯罪嫌疑但不属于“严重危害社会秩序和国家利益的”这种情形的，除非权利人提起刑事自诉，人民法院不就犯罪问题进行审查处理等。

　　(5)采取结合型立法模式;对罪名及法定刑作出相应调整;优化刑罚配置;确立适度的举证责任转移制度;增设临时措施;破解公安机关侦查过程中的各种掣肘。