以商业秘密的自身价值作为刑事追诉标准，除了符合刑事保护的本质目的和效率本位价值之外，还有以下几个方面的理由：

　　第一，可以克服以商业秘密权利人经济损失作为刑事追诉标准所造成的不周延情况：如果商业秘密自身价值极大，即使侵权的人很多，但若每个侵权人都只是给权利人造成49万元损失，则都不构成犯罪。而商业秘密权利人从中遭受了巨大的损失，可能连成本都无法收回，这样无疑会使重大技术创新的激励效应丧失，最终阻碍社会进步，损害社会总效应。但如果以商业秘密的自身价值作为刑事追诉标准则可以避免这种情况的产生。商业秘密的自身价值不大，没有达到刑事追诉标准，即使权利人遭受了重大损失，但由于成本低，比较容易收回成本，激励效应不容易丧失。而且，就算权利人无法收回成本，激励效应丧失了，但由于其自身价值不大，对社会总效应的影响也是有限的。

　　第二，以商业秘密的自身价值作为刑事追诉标准更具有可操作性;商业秘密的自身价值可以由鉴定机构在商业秘密研发成本的基础上，结合利用周期、市场竞争的程度、市场前景、经济价值利用大小、新颖程度等因素综合评估确定，其确定性程度比较高，有较好的可操作性。而现行立法以商业秘密权利人的经济损失作为刑事追诉标准，如何计算经济损失是一个理论上和司法实践中难以解决的问题，可操作性很差。

　　第三，虽然没有立法明确规定以商业秘密的自身价值作为刑事追诉的标准，但从法院判例来看，对于商业秘密刑事案件，犯罪数额通常以商业秘密的自身价值(以研发成本为主)来计算，因为法官认为这基本上能反映被告人在偷窃商业秘密时所能意识到的节省的成本，比较公平。例如，曾经有这样一个判例：某研究人员(被告)将其雇主(一个生物制药公司)的财务和研究数据卖给竞争对手，被告人认为，竞争对手将要支付给他100000 -200000美元以购买其数据，因此应当以此数额作为犯罪数额。第9巡回法院拒绝严格用市场销售价格来评估商业秘密的价值，因为这种方法仅仅着眼于犯罪人的非法所得，而忽略了被害人的损失。虽然法院也承认用购买或销售价格来评估商业秘密的价值可能是合适的，但法院仍有权按照商业秘密的研发成本来评估其价值。