根据侵犯商业秘密案件的特点，笔者认为，侵犯商业秘密刑民交叉案件应当按照以下的模式进行处理：

　　(一)保留并改进侵犯商业秘密刑事附带民事诉讼制度

　　如前所述，刑事附带民事诉讼制度在解决侵犯商业秘密案件时，存在严重的弊端，因此，有学者主张侵犯商业秘密的损害赔偿不宜通过附带民事诉讼来解决。笔者不赞同此观点。完美的制度是不存在的，任何制度都会有弊端和问题所在。只要该制度有存在的合理性，利大于弊，就可以保留并推行。当然.我们有必要对制度加以优化，使其作用得到充分发挥，将弊端减少到最低程度。就刑事附带民事诉讼制度而言，不可否认的是，它在一定程度上能够提高审判效率，迅速解决争议，节省诉讼成本，使被害人能够及时得到抚慰和经济赔偿，免于讼累。我国已经在刑事附带民事诉讼方面积累了一定的审判经验，并且也取得了一定的成效，尤其是“三审合一”审判模式的推行，更是为刑事附带民事诉讼提供了生存的土壤，因此，不应一味地全盘否定附带处理模式的合理性，而是应当结合侵犯商业秘密案件的特点，对其加以改进和完善，扬长避短。

　　具体来说，改进侵犯商业秘密刑事附带民事诉讼制度，可以从两个方面进行：一方面，限制知识产权刑事附带民事诉讼的受案范围。刑事附带民事诉讼受审判期限、审判人员的知识结构、审理内容的两重性等因素的限制，审理难度比普通刑事和民事案件要大，因此，为了不牺牲法律的公平和正义，避免错案的发生，应当严格限定刑事附带民事诉讼的受案范围。笔者认为，明确侵犯商业秘密刑事附带民事诉讼的适用范围，至少应考虑3个因素：一是限定于案情简单、争议不大的案件。二是仅可以适用于附带民事诉讼被告人与刑事被告人完全重合的案件。三是应赋予法院是否受理附带民事诉讼的决定权，即如果法官认为案情复杂，不适宜通过附带民事诉讼的，则可以不予受理，告知当事人另行提起单独的民事诉讼。另一方面，对刑事附带民事诉讼严格实行目前的“三审合一”审判模式，即审理案件的法官不仅应当有刑事法官，还应当有知识产权法官，如此可以保证刑事和民事问题都能得到准确的认定和判断。应当说，通过这些措施，可以将上面所述的各种弊端减少到最低程度，并发挥刑事附带民事诉讼应有的功效。

　　(二)科学处理先刑后民案件

　　如果当事人在侵犯商业秘密刑事案件审理过程中没有提起附带民事诉讼，而是在刑事诉讼判决生效之后基于同一案件事实再另行提起单独的民事诉讼，则应注意两点：一是在审理刑事案件时，应当严格实行目前的“三审合一”审判模式，由刑事法官和知识产权法官共同组成合议庭。二是如果是由同一法院受理民事诉讼，应当另行组成合议庭，但可以考虑由原来审理刑事诉讼的知识产权法官参与。如此一来，一方面可以克服由同一审判组织审理民事案件时的先人为主的弊端，另一方面有利于刑事诉讼和民事诉讼的衔接和承继，节约诉讼资源，提高诉讼效率。

　　(三)区别对待先民后刑案件

　　侵犯商业秘密案件如果首先进入的是民事程序，而后又发现涉嫌构成犯罪的，如前所述，目前基本上都是采取的“先刑后民”的处理方式，而这种方式存在诸多问题。为此，很多学者建议应当采取“先民后刑”的处理方式。笔者认为，对先民后刑案件，不能笼统的采取“先民后刑”的处理方式，而应当分情形区别对待：

　　(1)如果在民事案件审理过程中，被害人又提出刑事自诉的，则应当实行民事附带刑事诉讼，将刑事和民事案件合并起来审理。

　　(2)如果民事法官在审理过程中发现构成犯罪嫌疑且严重危害社会秩序和国家利益或是可能被判处3年以上有期徒刑的，应当采取“先民后刑”的方式，即将民事案件审结之后再移送公安机关依法处理。可以说，这种“先民后刑”的方式更符合侵犯商业秘密案件特点，能够有效地克服“先刑后民”原则的诸种弊端，也符合世界发达国家的通行做法。例如，在美国，对于侵犯商业秘密案件，如果刑事诉讼和民事诉讼同时进行，民事诉讼一般都优先，即刑事诉讼一般都要等民事诉讼先行判决之后才能继续进行下去。这里需要指出的是，当前应当及时对“严重危害社会秩序和国家利益的”公诉情形的具体判断标准作出解释，而且应当作比较严格的解释。

　　(3)如果民事法官在审理过程中发现构成犯罪嫌疑但不属于严重危害社会秩序和国家利益或是可能被判处3年以上有期徒刑的，除非权利人提起刑事自诉，人民法院不就犯罪问题进行审查处理。因为基于知识产权的私权性质，如果侵权人承担了民事责任如赔偿损失、销毁侵权产品或者标识、赔礼道歉等足以对权利人予以救济又没有严重危害社会秩序和国家利益的，就没有必要再由国家司法机关出面追究侵权人的刑事责任。

　　(4)如果公安机关已经立案侦查的，则应当“刑民并行”，即不应当停止民事案件的审理，而是刑事案件和民事案件互不干扰、同时进行，刑事案件中可以对犯罪行为人采取强制措施，民事案件中可以采取保全证据、实施诉前禁令等，为权利人提供多重保护。