商业秘密是合作关系当事人一方或双方的无形资本，是合作关系经常涉及的重要问题，如擅长生产的企业与具有强大销售网络的企业合作，具有良好科技开发能力的研究机构与企业公司合作等。合作关系特别是组建新的经济实体，包括合资、合作企业，对商业秘密的要求和使用与技术秘密许可使用有很大不同。在许可关系中被许可方是自己实施，有时间、地域限制，而合作关系中商业秘密却是共同实施，连续使用，可以没有时间及地域限制，这就产生了一系列风险。

　　(1)不间断地向合作对方披露商业秘密的风险。商业秘密供方不仅要在建立合作关系时提供商业秘密，而且为合作企业的生存和壮大，必须不间断地将商业秘密的最新发展提供给合作企业。另外，合作对方不仅对特定范围的商业秘密有兴趣，往往对其他商业秘密也有兴趣，这就使商业秘密有连续泄露的风险。

　　(2)合作企业职工泄露商业秘密的风险。合作企业职工来自合作对方或从社会上招收，其知识产权意识和保密意识可能较差，增加了泄露商业秘密的风险。

　　(3)后续开发产权争议的风险。合作企业若对合作一方提供的商业秘密进行后续开发，如果参加开发的是双方人员，那么会产生贡献大小的争议。处理不好，会使产权界限模糊化，甚至“融化”为双方共有。

　　(4)合作企业在与第三方的业务中，泄露商业秘密的风险。与供方企业一样，合作企业也不是在真空中，必须有产品购销、贷款集资、加工修理、租赁运输、商务咨询、法律事务、转让许可等活动。在这些活动中，如果合作企业不注意保护商业秘密，会造成商业秘密的损失甚至消灭。供方企业的竞争对手，甚至会主动从合作企业套取商业秘密。

　　(5)合作对方将商业秘密挪作他用的风险。如果除合作项目外，合作对方还有企业或事业，那么就存在着合作对方在其中使用供方商业秘密的风险。

　　(6)造就强大竞争对手的风险。如果合作对方有很强的消化能力和发展潜力，有关商业秘密会很快增强其经济实力和健全业务网络，结果就是强大竞争对手的出现。

　　(7)合作失败带来的风险。如果合作关系不欢而散，商业秘密有可能流失。