作为规避风险的措施，合作合同应该重点解决下列问题：

　　(1)明确最初提供的商业秘密产权。根据合作双方商业秘密的权利比例，决定利益分配比例;规定最初提供的商业秘密，其产权是已经转让给了合作企业，还是仅允许合作企业使用。

　　(2)明确合作企业得到新商业秘密的权利归属。新商业秘密可以归合作企业所有;也可约定归提供商业秘密的一方所有，而合作企业有免费使用权;也可视新的商业秘密为最初提供商业秘密的发展，由最初提供商业秘密的一方所有。

　　(3)明确新商业秘密的认定办法。可由合作企业的权力机构进行认定，或参加合作的双方企业的代表共同认定。

　　(4)确立商业秘密管理制度。规定有关商业秘密在合作企业使用的部门或范围;对职工进行知识产权和保密教育;规定保密制度，签订保密协议;合作企业在与客户往来中，注意保密。

　　(5)明确商业秘密，可否向对方企业扩散。对最初提供的商业秘密，规定可否向合作双方企业扩散;规定新商业秘密归合作企业所有的，是否可向参加合作的企业扩散，双方企业是否有使用权，获得使用权是否是无偿的;新商业秘密归一方企业所有、合作企业有免费使用权的，应明确规定另一方企业，是否可在有偿条件下获得使用权。

　　(6)明确合作企业与第三人的关系。规定合作企业应向第三人保守商业秘密;规定在必要条件下，第三人接触商业秘密的手续，如合作企业是否有权批准，还是需要参加合作的双方批准。

　　(7)在必要情况下，商业秘密继续由供方控制，如有泄露风险，供方可终止合作。