商业秘密是一种民事权利，属于私权。是否存在商业秘密，民事诉讼采用的判断标准和刑事诉讼中的判断标准是相同的，但两者的不同之处主要在于：

　　(一)举证责任和商业秘密被侵害的证明标准不同。商业秘密权利人提起民事诉讼，其需证明被控侵权人使用的信息与其商业秘密相同或相似，并证明被控侵权人有获取(接触)商业秘密的条件，被控侵权人不能提供或拒绝提供其所使用的信息是合法获得或者使用证据的，根据“相同(或相似)加接触加排除合法来源”的侵权判定原则，可以推定被控侵权人以不正当手段获取或使用了权利人的商业秘密，其行为构成侵权。被控侵权人提出反驳的，有举证证明自己反驳意见的责任。在刑事诉讼中，公诉机关除了负有证明被控侵犯的信息属于商业秘密、被告人使用的信息与权利人的信息相同或实质一致的责任以外，其还必须同时提供确实充分的证据，证明确系被告实施了侵犯商业秘密的行为，而且证明必须达到排除合理怀疑的程度。根据刑事诉讼的原理和刑事诉讼法的一般规定，被告人不负有任何举证责任。除非被告人以其信息有合法来源作为违法性阻却事由进行辩护时，其对信息的合法来源承担举证责任。在刑事诉讼中，刑事诉讼法规定被告人必须如实回答侦查人员的讯问，加之被告人被采取了强制措施，多数案件的被告人在侦查机关供认过其以不正当手段获得或使用权利人的信息，而民事诉讼中被告一般不会自认实施了侵害原告商业秘密的侵害行为，故实际上在刑事诉讼中，公诉机关更容易证明被告人实施了侵害商业秘密的犯罪行为。由于不同的诉讼程序中适用不同的证明责任和证明标准而造成认定事实的差别是正常的情况，一是由于民事诉讼证明标准低于刑事诉讼证明标准，民事判决中确认的损失数额可能高于刑事判决中确认的数额;二是因证据证明力未达到刑事诉讼证明标准而被刑事判决认定不构成侵犯商业秘密犯罪的行为，仍有可能构成民事诉讼中的侵害商业秘密的行为。

　　(二)确定和计算损失的方法有区别。根据《不正当竞争司法解释》第17条第1款的规定，商业秘密民事侵权诉讼对侵害行为造成损失的认定，是参照执行最高人民法院法释 2001121号《关于审理专利纠纷案件适用法律问题的若干规定》第二十、二十一条规定的四种计算方法，即按照权利人被侵权受到的损失、侵权人因侵权所获得的利益、许可使用费及定额赔偿的先后顺序来确定损失的。后两种方法确定的损失具有不确定或者证据难以达到确实充分程度的问题，刑事诉讼要求证据达到确实充分的程度，故民事诉讼中的第三种计算方法相对前两种而言，不确定因素更多，第四种推定的方法是作为补充的规定，其是在权利人无法提供损失或侵权人获利证据的情况下，为了维护权利人的合法权利，不得已而使用的，故民事诉讼中关于损失的第三、四种计算方法均不得在刑事诉讼中使用。在民事诉讼中，由于直接和间接损失证据很难取彳导，为了保护权利人利益，制止侵权，多数案件适用定额赔偿。在刑事诉讼中，首先考虑是权利人因商业秘密被侵害造成的现有财产的减少和可得利益的丧失作为损失的认定方法，在无法确定权利人损失的情况下，查清被告人因侵犯商业秘密的获利来认定损失。在两者都已查明的情况下，原则上以权利人的损失数额来认定，因为损失的本意是指权利人现有财产的减少和可得利益的丧失。