电子商务中的知识产权保护存在的主要问题有：现有的网络技术给版权、专利权及商标权等制度带来的问题，由此产生的知识产权法律冲突呈现复杂性以及难以根除性。
 

　　(一)商标的域名抢注

　　所谓的域名抢注，就是是指注册人将他人的注册商标或企业名称等抢先注册成自己的域名行为。虽然在《中国互联网络域名注册暂行管理办法》出台后，一些大规模的域名抢注行为逐渐得到了遏制，但域名的抢注行为还是时有发生。
 

　　(二)网页链接中的商标侵权

　　在网络上，处于不同服务器上文件可通过超文本标记语言链接起来。网页制作者选择一些精美的图片或文字作为锚，以吸引更多的点击，只要上网者在网页上点击超链接的一些锚，就可直接在自己的网页上使用他人的注册商标，并把其连接到自己的网页内容上，这种链接行为必然会直接或者间接的引发商标的侵权行为。
 

　　(三)网上侵犯版权的行为

　　所谓侵犯版权是指未经作者许可就将传统的版权作品进行数字化，并制作成数据库在网络上传输的行为。或在未经许可的情况下下载及转载网络上传输的作品，非法从网络上下载并复制别人的作品，越权或者超期非法使用共享软件等。这些行为对版权所有人造成了一定的损失。
 

　　(四)BBS上的商标侵权

　　所谓BBS指的是电子布告板系统，它是网络上一种重要的信息交流及通讯方式。一旦有人设立了BBS，人们就可向上面上传信息或者下载信息。但BBS的经营者往往不经过商标持有人的许可，将已经注册的商标作为吸引用户的标志来放到公告系统中，由此引发了侵权行为与纠纷。
 

　　除此之外，在电子商务中还存在一些其它的侵权行为，如在电子商务活动中假冒或盗用他人的注册商标来推销自己的商品，或通过网络广告、远程登录数据库查索或在网络上随意的诋毁他人商标的信誉等侵权行为。