一、当事人自行收集的证据，有时受到客观时间、地点、条件的限制，很难全面地反映事物的全部信息，如证据取得的过程、时间、地点等的反映;再如，存在于因特网上的侵权软件，因软件的脆弱性决定了其作为证据保存及证明其存在时期的难度。此时，由公证机关对证据及收集过程等予以公证，以证明被收集的证据之客观性就显得十分必要了。国家对此也有专门的规定。
 

　　二、对软件侵权公证收集证据上，争议最大的是公证员何时亮出自己的身份。实际的做法有三种：
 

　　1，从公证工作的开始，就表明公证员的身份。此做法最大的障碍是，当被调查人是侵权人时，其会权力地阻挠证据收集，甚至会销毁证据。

　　2，获取调查结果时，告知被调查人公证员的身份。采用此法，有时也会发生上述问题。

　　3，不告知身份，直接出公证书，此最大的问题是，在法庭上，侵权人将以公证程序不合法为由抗辩，以否认该证据的效力。考虑到当前执法环境的状况，在此问题上法院的要求不是很苛刻。只要没有相反的证据，一般均认可公证书的效力。