侵犯计算机软件著作权罪目前在实务领域内仍然是一块办理比较困难的案件，因为计算机软件涉及技术、程序、服务器、源代码等多种因素，所以针对侵犯计算机软件著作权罪刑事犯罪案件的侦查具有较大的难度。
 

　　(一)侦查方向不易确定

　　侵犯著作权犯罪案件不同于普通的刑事案件，而侵犯计算机软件著作权犯罪案件与一般侵犯著作权犯罪案件也有极大不同。在侦查伊始常常缺乏可供勘查的犯罪现场，在犯罪时间、犯罪空间的判断上常常不具备可供具体分析的因素，在对犯罪嫌疑人的查找工作中，传统的侦查方法显然已不能适应。
 

　　(二)全面追查制作和销售网络难

　　侵犯著作权犯罪主体呈现有组织化倾向，犯罪团伙作案的地点复杂多样：有些是生产的场所，有些是储存的场所，有些是销售的场所，而且犯罪嫌疑人为逃避打击经常变换作案地点，这为侦查工作中对犯罪嫌疑人作案地点的追查造成了困难。
 

　　(三)调查取证工作中涉及的相关法律问题和技术问题多

　　侵犯著作权犯罪的专业性、技术性较强，在调查取证工作中既涉及到著作权法问题，又涉及到制造侵权复制品的技术手段、设备设施的技术性能等方面。侵犯著作权犯罪证据体系的建立需要严格符合刑法分则中关于侵犯著作权犯罪的构成要件，其中包括许多著作权法专业知识。
 

　　(四)新型网络侵犯著作权犯罪形式的兴起

　　网络侵犯著作权犯罪对传统侦查工作具有挑战性随着科学技术的发展，通过网络侵犯著作权的犯罪案件开始出现并急剧攀升，网上盗版、网上销售侵权作品的犯罪行为时有发生。在数字化、虚拟化的网络空间中，侵犯著作权犯罪案件主体可以在不同的地点、不同的时间进行犯罪活动，这给案件的侦破、取证等工作带来了地理、技术上的困难。