检察院针对侵犯软件著作权是否起诉的问题是值得商榷的，这取决于侵权行为的情节。不起诉是指检察院对公安机关侦查终结移送起诉的案件或者对自行侦查终结的案件，经过审查后，认为犯罪嫌疑人具有刑事诉讼法第15条规定的不追究刑事责任的情形，或者犯罪嫌疑人犯罪情节轻微依法不需要判处刑罚或免除刑罚，或者经两次补充侦查尚未达到起诉条件，而作出的不将案件移送人民法院进行审判的决定。
 

　　不起诉是人民检察院审查案件的结果之一，具有终止诉讼的法律效力。根据刑事诉讼法第140条第4款、第142条的规定，不起诉分为法定不起诉、酌定不起诉和存疑不起诉三类。
 

　　1.法定不起诉，又称绝对不起诉。法定不起诉，是指犯罪嫌疑人具有刑事诉讼法第15条规定的不追究刑事责任情形之一的，人民检察院应当作出的不起诉决定。根据刑事诉讼法第15条的规定，法定不起诉有以下六种情形：(1)犯罪嫌疑人实施的行为情节显著轻微，危害不大，不认为是犯罪的;(2)犯罪嫌疑人的犯罪已过追诉时效期限的;(3)犯罪嫌疑人的犯罪经特赦令免除刑罚的;(4)依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的;(5)犯罪嫌疑人、被告人死亡的;(6)其他法律规定免予刑事责任的。

　　2.酌定不起诉，又称相对不起诉。酌定不起诉，是指人民检察院认为犯罪嫌疑人的犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的案件，可以作出的不起诉决定。
 

　　我国刑事诉讼法第142条第2款的规定：对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。根据这一规定，酌定不起诉必须同时具备两个条件：一是犯罪嫌疑人实施的行为触犯了刑律，符合犯罪构成的要件，已经构成犯罪。二是犯罪行为情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚。
 

　　3.存疑不起诉，又称证据不足的不起诉。存疑不起诉是指检察机关对于经过补充侦查的案件，仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出不起诉决定。我国刑事诉讼法第140条第4款规定：对于补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出不起诉的决定。而根据我国刑事诉讼法第140条规定的精神，补充侦查的案件应在1个月内补充侦查完毕，补充侦查以两次为限。
 

　　对于存疑不起诉应当注意的是，只有案件经过两次补充侦查后，人民检察院仍然认为案件事实不清、证据不足时，才可以作出不起诉决定。因此，案件经过两次补充侦查和案件事实不清证据不足，是刑事诉讼法规定的存疑不起诉的必要条件，人民检察院必须严格执行。