在办理侵犯商业秘密案件民事案件和侵犯商业秘密罪时，涉及到法官和律师等文科学位的普通人无法解决的技术问题，通常解决途径通常是求助司法鉴定，借助司法鉴定人员的专门知识来解决“专门性问题”。在商业秘密案件中，因商业秘密本身所具有的特质，涉及技术含量较高，故针对商业秘密司法鉴定影响整个案件的判决方向。

对于由异议的司法鉴定，根据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第二十七条：“当事人对人民法院委托的鉴定部门作出的鉴定结论有异议申请重新鉴定，提出证据证明存在下列情形之一的，人民法院应予准许：(一)鉴定机构或者鉴定人员不具备相关的鉴定资格的;(二)鉴定程序严重违法的;(三)鉴定结论明显依据不足的;(四)经过质证认定不能作为证据使用的其他情形”。

最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》规定：“对有缺陷的鉴定结论，可以通过补充鉴定、重新质证或者补充质证等方法解决的，不予重新鉴定”。