被告仅接触原告的目标程序包括接触到写有目标程序的原告产品。这种情况下，原被告是同类产品的竞争者，原告软件产品先于被告推向市场。鉴定比较的对象选择与可以接触原告源程序的情形基本相同，差异之处在于原告源程序无法编译或编译后目标程序与被告的不相似时，无需比较双方的源程序。
笔者认为，在仅有目标程序接触的情况下，通过反编译、反汇编等反向工程的手段以求获得可用的原告源程序是不现实的，反向工程只能获取程序的一些结构信息，并在此基础上开发程序，因此在没有源程序接触的情形下，不存在对原告未成形或不可用的源程序的抄袭。
实务中，委托鉴定时通常将鉴定内容一次性提交给鉴定机构，由鉴定机构完成整个鉴定，法院和原被告并不参与。而鉴定实际上是一个渐进的过程，面对众多的可用于鉴定的材料，在委托鉴定时难以确定需要鉴定的内容，或者会遗漏鉴定内容而不得不补充鉴定，或者造成不必要的鉴定，浪费鉴定资源，同时造成诉讼成本的增加。因此，应当采用分次委托的方式，根据前次鉴定的结果确定是否需要进行下一次鉴定以及鉴定的内容。
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