在软件著作权侵权纠纷诉讼中，比较常见的情况是原告根本不掌握被控侵权软件的源程序。有时，原告方甚至连被控侵权软件的目标程序都无从获取。现实情况是，如果仍要求原告承担上述举证责任，其结果使得原告无从维护自己的合法权益。
基于软件侵权案件的这些特点，人民法院在审理此类案件时往往将提供被控侵权软件源程序的举证责任赋予被告方。当原告的证据能够初步证明：被告方的软件与自己享有著作权的软件具有相似性。人民法院就会要求原被告双方提供自己软件的源程序，以进行比对，并根据比对结果作出判定。如果被告拒绝提供或提供源程序不符合鉴定要求而导致无法比对，则判定侵权成立，这是一种“推定侵权”的判定方法。
上述将举证责任分配给被告的审判方式在我国司法审判实践中被大量适用。如北京市一中院审理的香港万钧公司诉海威电子公司、海威计算机公司侵犯著作权案、上海市二中院审理的杭州英谱科技公司诉上海三锐公司侵犯著作权案等案件中，法院均在有证据表明双方软件相似，但被告不提供(或不能提供)软件源程序或提供的源程序不符合鉴定要求的情况下判定被告承担侵权责任。
尤为值得一提的是，近年来，一些法院在有证据表明双方软件目标程序基本相同，但没有证据表明被告曾接触过原告软件的情况下，仍将提供被控侵权软件源程序的举证责任分配给被告。我们认为在法院可以调取双方备案的部分代码的情况下，法院不应该再要求被告提交全部的源代码，首先软件著作权的备案制度已经表明了部分代码可以表示全部软件特征，其次源代码作为企业的商业秘密在诉讼中可能有泄漏的风险。
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