客户名单的特殊性和上述因素是造成客户名单商业秘密案件相对于其他知识产权案件审理和裁判难度较大的根本原因。此外，从我国审判实践来看，也有相关法律制度、主张商业秘密权利保护的经营者和此类案件的裁判者等方面的原因，具体体现在：

1.我国有关客户名单商业秘密的法律规定不完善。这很可能是很多国家普遍存在的情况。在我国，仅有《反不正当竞争法》第10条(关于商业秘密的规定)、《劳动合同法》第23条和第24条(关于保密义务和竞业限制的规定)等与商业秘密有关的直接规定，审判实践中法院还可以适用《不正当竞争司法解释》第13条关于客户名单的具体规定。上述有限的规定不仅原则，而且无法解决审判实践中纷繁复杂的问题。

2.客户名单商业秘密成立及侵权行为存在的证明有难度。与其他知识产权不同，商业秘密在侵权诉讼过程中首先有一个确权过程，包括确定商业秘密的权利内容和权利主体，而很多商业秘密权利主张者事先并没有制作商业秘密的载体。从商业秘密权利的确定来说，根据我国反不正当竞争法的规定，客户名单作为商业秘密受到保护，需要符合三个要件。相对于其他民事权利来说，客户名单商业秘密权的存在证明要求高、难度大，有的问题本身一直存在争议。

此外，客户名单商业秘密侵权案件中，有些证据的取得存在客观困难，主要体现在：(1)权利人经常主张其对职工提出过保密要求，为此提供的相关证人一般均与双方当事人有利害关系，其证言难以采信，或者出于自身利益考虑不愿意作证，尤其是不愿意出庭作证;(2)在原告诉请保护的客户名单是否具有秘密性方面，被告主张该客户名单属于同行业普遍知悉，但同行业不愿意提供证据，特别是不愿意向他人展示自己与诉争客户的交易情况;(3)在侵权行为的存在方面，权利人申请法院调查收集的很多证据，包括被告与客户进行的业务联系和发生的交易等，均与案外人即权利人诉请保护的客户有关，也需要取得这些客户的配合。

3.经营者保护客户名单商业秘密的意识和能力弱。我国自1987年的《技术合同法》开始为技术秘密提供合同债权保护，1995年《反不正当竞争法》确立了对商业秘密进行全面保护的法律制度，虽然商业秘密保护法律制度的确立有一定时间，但商业秘密保护的制度、规则尚不完善，需要进一步提高可操作性;而且商业秘密需要权利人自己采取管理措施进行保护，很多经营者还缺乏对商业秘密保护的意识，没有提供管理措施或者管理措施不到位;特别是对于客户名单的保护来说，现实经济生活中，很多经营者在主张客户名单作为商业秘密受到保护时，因为对商业秘密法律制度的理解和把握不够，不能确定要求保护的客户名单的内容，只是因为对方抢走了自己的客户而直觉对方侵犯自己的某种权利。

4.客户名单商业秘密侵权行为的隐蔽性。经营者在从事不正当竞争行为时为掩盖侵权嫌疑采取了一些隐蔽手段。不保留合同等与客户交易的资料;在自己投资设立的公司中不担任职务，甚至为掩盖自己从事同类竞争业务的事实而故意同时从事一份其他不相干的工作等;不保留与客户进行交易的资料等。

5.法院对于此类案件审判经验积累不足。商业秘密侵权案件的数量在整个知识产权审判工作中所占比重不大，客户名单商业秘密侵权案件的绝对数量更是不多，且地区分布很不集中，这妨碍了法官在自身审判实践的基础上对于此类案件的总结和经验积累。有的案件裁判文书反映出法官在审理此类案件时思路不清，不知如何分配举证责任或者不知是否应对当事人进行举证指导或者释明。