(1)公诉。刑事诉讼的目的，是惩罚犯罪、保护人民，维护社会秩序和国家利益，因而对刑事案件由人民检察院代表国家实行公诉。在公诉案件中，人民检察院是公诉人，商业秘密受到侵害的权利人是被害人，犯罪嫌疑人是被告人。

　　(2)自诉。对商业秘密犯罪可以自诉。在自诉案件中，商业秘密的权利人是自诉原告，犯罪嫌疑人是被告，自诉案件可以调解。

　　在公诉案件中，商业秘密权利人向县级公安机关报案，公安机关经过侦查以后移送检察院起诉，这样可以发现、固定犯罪证据。在自诉案件中，商业秘密权利人要自己提供被告人犯罪证据，而且被告人是“无罪推定”，因此在证据的发现、固定上，对自诉人非常不利，因而一般不建议采用。