(一)地方保护主义

1980年实行财政包干和1994年推行以划分税种为基础的分税制财政体制之后，财政状况的好坏直接关系到地方的经济利益，因此地方政府与地方企业不可避免地在相当多的方面形成了利益共同体，地方企业的生存和发展直接关系到地方政府的财政收入，也关系到当地就业岗位。同时，行政性分权阶段实行行政领导干部行政任命制，经济增长速度等地方经济发展的相关指标成为考核干部政绩的主要标准。这样，就导致了地方保护主义的产生。据调研发现，在办理侵犯商业秘密案件的过程中，地方保护主义现象非常普遍和突出。一些地方尤其是经济不发达地区的政府出于保护本地区局部利益的考虑，对于当地企业的侵犯商业秘密行为采取容忍甚至庇护的态度。这主要表现在：一是阻挠、干涉当地行政执法机关和公安机关对侵犯商业秘密行为的查处工作。

(二)公检法对犯罪定性和定量认识不统一

由于商业秘密的界定具有相当的主观性和不确定性，无论是理论界还是实务界，对于是否是商业秘密这个问题经常很难达成一致认识，另外，“重大损失”的计算标准也是模糊不清，操作性差，致使公安机关、检察机关和法院经常理解不一，各自采取不同的标准认定，导致有些案件按照公安机关认定的标准已经构成了犯罪，而按检察机关或法院的标准，却没有达到追诉标准。因此，在公检法对侵犯商业秘密犯罪的定性和定量认识不统一，而又协调不好的情况下，公安机关会心有顾虑，不敢办案。

(三)公安机关警力配置和经费不足

知识产权犯罪案件数量多，涉案范围广，人数众多，逃匿速度快，反侦查能力强，经常要跨省、跨地区抓捕犯罪嫌疑人，这样的警力配置根本无暇应付，严重制掣了对知识产权犯罪案件的打击。侵犯商业秘密案件是知识产权犯罪案件中最不受重视的部分，再加之办案难度更大，因此，在警力本来就紧张的情况下，公安机关更是对其无暇顾及了。

办案经费不足是另外一个突出的问题。在办理侵犯商业秘密犯罪案件过程中，会产生很多费用，例如车辆、照相摄像器材、差旅费、鉴定费、雇请专家费等，有时一个案子的办案花费往往高达几十万。这对于公安机关来说，是无力承担的。因此在实践中，往往只有当被害人单位愿意提供经费支持时，公安机关才愿意办案。对于没有经费支持或赞助而又需要耗费大量费用的案件，公安机关一般不敢也不愿意办理。

(四)管辖及异地协作存在问题

根据《中华人民共和国刑事诉讼法》、《公安机关办理刑事案件程序规定》以及2006年实施的《公安机关办理经济犯罪案件的若干规定》等有关法律、规章的规定，经济犯罪案件由犯罪地的公安机关管辖。犯罪地是指犯罪行为发生地。以非法占有为目的的经济犯罪，犯罪地包括犯罪行为发生地和犯罪嫌疑人实际取得财产的犯罪结果发生地。如果由犯罪嫌疑人居住地的公安机关管辖更为适宜的，可以由犯罪嫌疑人居住地的公安机关管辖。居住地包括户籍所在地、经常居住地。从上述规定可见，对于经济犯罪案件，被害人所在地的公安机关是没有管辖权的。实践中的知识产权犯罪案件，经常是被害人所在地和犯罪地并不在一处，被害人所在地的公安机关对此没有管辖权，而犯罪地或犯罪嫌疑人居住地的公安机关出于地方保护主义，往往对这类案件敷衍塞责，并不主动积极办理。

有的案件中，被害人所在地虽然不是犯罪行为发生地，但是是犯罪嫌疑人实际取得财产的犯罪结果发生地之一，被害人所在地的公安机关据此立案后，需要到异地即犯罪行为发生地进行侦查和抓获犯罪嫌疑人，这就需要当地公安机关进行协作和配合。虽然根据相关规定，公安机关办理刑事案件，各地区之间应当加强相互协作和配合，严格履行协查、协办职责。但是，如果没有上级压力或指示，当地公安机关往往是怠于协作和配合，因为一方面是出于地方保护主义考虑，另一方面是从中并不能受益。

(五)取证困难

侵犯商业犯罪案件中，犯罪嫌疑人往往具有较高的文化素质和智商，反侦查能力很强，而且犯罪手段大多是通过计算机等高科技手段实施的，隐秘性很强，证据大多呈现为电子证据，极容易被删除和销毁。公安机关在立案之前不能采取查封、证据保全等强制措施，而立案后则打草惊蛇，很难再去收集、调取和固定证据，刑事程序很难进行下去。从调研情况来看，取证难成为司法实践中以侵犯商业秘密罪定罪处罚的案件极其稀少的最主要因素。深圳市某区办理的数起具有代表性的侵犯商业秘密罪的案件，都不是公安机关主动有意侦查的结果，而是无心插柳造成的：受害人向公安机关报案无果之后，向法院提起民事诉讼，通过诉前证据保全措施将证据固定。民事法官在审理过程中发现被告涉嫌构成犯罪，然后移送给公安机关，从而进入刑事追诉程序。应当说，取证困难使商业秘密犯罪黑数大量存在，这也导致刑法的威慑力大大减弱，严重影响了侵犯商业秘密的刑事保护的效果。

(六)保管和处置侵权货物成本高昂

在有些侵犯商业秘密刑事案件中，公安机关立案侦查后，会面临着一个很棘手的问题：对查处的侵权货物进行保管和处置。根据无罪推定原则，在法院判决生效之前，不能对侵权货物予以销毁或处置。从公安机关立案侦查至法院判决生效，需要经历好几个月甚至几年的漫长诉讼期限，在这期间，公安机关必须对侵权货物妥善保管。如果万一保管不善，致使货物丢失或毁损，而法院最后又作出无罪判决的话，公安机关需要承担行政赔偿责任。由此，就产生了一系列的费用：首先，如果对侵权货物进行原地查封，侵权人及其他人很可能会将货物偷走、抢走或者故意销毁，灭失的风险很大，因此，公安机关必须要将货物搬走，这就产生了搬运费和运输费。其次，公安机关没有专门储存货物的仓库，必须要租借仓库，并委托保管，这就产生了高昂的仓储保管费。最后，如果法院作出有罪判决，根据相关法律规定，对于大量不能重新回收利用的侵权货物，公安机关应当要予以销毁。而在销毁的组织、实施过程中也需要耗费大量的人力、物力，产生销毁费用。另外，销毁货物一般都是采用碾压、焚烧、填埋等方式，而这些方式如果适用不当，则有可能会造成空气、土壤、水源等环境污染，从而遭受相关环保部门的行政处罚。