商业秘密是一种民事权利，属于私权。是否存在商业秘密，民事诉讼采用的判断标准和刑事诉讼中的判断标准是相同的，但两者的不同之处主要在于：

(一)举证责任和商业秘密被侵害的证明标准不同。

商业秘密权利人提起民事诉讼，其需证明被控侵权人使用的信息与其商业秘密相同或相似，并证明被控侵权人有获取(接触)商业秘密的条件，被控侵权人不能提供或拒绝提供其所使用的信息是合法获得或者使用证据的，根据“相同(或相似)加接触加排除合法来源”的侵权判定原则，可以推定被控侵权人以不正当手段获取或使用了权利人的商业秘密，其行为构成侵权。被控侵权人提出反驳的，有举证证明自己反驳意见的责任。

在刑事诉讼中，公诉机关除了负有证明被控侵犯的信息属于商业秘密、被告人使用的信息与权利人的信息相同或实质一致的责任以外，其还必须同时提供确实充分的证据，证明确系被告实施了侵犯商业秘密的行为，而且证明必须达到排除合理怀疑的程度。

(二)确定和计算损失的方法有区别。根据《不正当竞争司法解释》第17条第1款的规定，商业秘密民事侵权诉讼对侵害行为造成损失的认定，参照《关于审理专利纠纷案件适用法律问题的若干规定》第二十、二十一条规定的四种计算方法，即按照权利人被侵权受到的损失、侵权人因侵权所获得的利益、许可使用费及定额赔偿的先后顺序来确定损失的。后两种方法确定的损失具有不确定或者证据难以达到确实充分程度的问题，刑事诉讼要求证据达到确实充分的程度。

在民事诉讼中，由于直接和间接损失证据很难取得，为了保护权利人利益，制止侵权，多数案件适用定额赔偿。在刑事诉讼中，首先考虑是权利人因商业秘密被侵害造成的现有财产的减少和可得利益的丧失作为损失的认定方法，在无法确定权利人损失的情况下，查清被告人因侵犯商业秘密的获利来认定损失。在两者都已查明的情况下，原则上以权利人的损失数额来认定，因为损失的本意是指权利人现有财产的减少和可得利益的丧失。