法院确定侵犯商业秘密的损害赔偿额的方法主要有以下五种：

1.以商业秘密权利人因侵权行为遭受的损失为依据确定赔偿额。

2.以侵权人因侵权行为获得的利润为依据确定赔偿额。

3.参照商业秘密使用许可的合理使用费的1-3倍合理确定赔偿数额。

4.定额赔偿。鉴于商业秘密案件数量较少，侵犯商业秘密权的损害程度不及侵犯专利权的损害程度，目前商业秘密案件的定额赔偿标准仍在50万元以内确定赔偿额为宜。

5.以当事人协商确定的数额作为赔偿依据。在有些知识产权案件中，当事人在诉讼中或诉讼外就侵权赔偿数额达成协议。