从侵犯商业秘密刑事案件中商业秘密司法鉴定的现状来看，主要存在以下问题：

　　(一)司法机关对鉴定结论性质的认识有误

　　鉴定结论只是证据的一种，只不过证明力比普通证据稍微强一些而已。鉴定结论在庭审应该进行质证，即鉴定人应该出庭，当庭质证，最后由法官决定是否采信。如果鉴定结论没有经过质证，而在司法过程中被采信是不合法的。然而司法实践中，司法机关在办理侵犯商业秘密案件时，显得过于依赖商业秘密的鉴定结论。例如，公安机关在立案时，普遍要求报案人提供相关的鉴定结论才给予立案;法官在审理商业秘密案件时，鉴定结论没有经过质证就直接予以采信;鉴定结论往往成为法官定案的唯一依据，甚至将鉴定结论和司法认定简单等同起来。另外，还有的司法机关将鉴定结论分出级别，认为国家级鉴定机构的鉴定结论效力要高于地方级鉴定机构的鉴定结论，司法机关委托鉴定的鉴定结论效力要高于被告人委托鉴定的鉴定结论。其实这是错误的，所有的鉴定结论都只是证据的一种，不应分出级别，只要合法，鉴定效力都是一样的。

　　(二)鉴定范围不合理

　　《全国人大常委会关于司法鉴定管理问题的决定》第1条规定：“司法鉴定是指在诉讼活动中鉴定人运用科学技术或者专门知识对诉讼涉及的专门性问题进行鉴别和判断并提供鉴定意见的活动。”可见，司法鉴定只能解决诉讼涉及的“专f1性问题”。如上所述，商业秘密是法律问题和技术问题的融合，委托鉴定的事项只能是专业技术问题，而不能是法律问题，司法鉴定文书不得载有案件定性和确定当事人法律责任的内容。司法实践中，有些司法机关没有很好地区分鉴定对象是专业技术问题还是法律问题，轻率地将“是否构成侵犯商业秘密”整个问题都作为委托鉴定内容，把本应由司法机关来判断的问题交给鉴定机构，造成了审判权的让渡，使审判权成为一个摆设，无疑是违背司法独立的基本精神和原则的。

　　(三)鉴定机构和鉴定人员不规范统一

　　为协助解决有关部门在办理知识产权案件过程中遇到的专业性问题，国家科委在1995年成立了国家科委知识产权事务中心(现在的科学技术部知识产权事务中心)，其重要的功能之一就是接受司法机关及有关单位委托，承办涉及科技纠纷案件的鉴定和评估工作。之后，全国各地又陆续成立了一些机构从事知识产权案件的鉴定工作，这些鉴定机构如前面笔者所总结的，主要是以研究机构、行业协会、社会团体等为主。据有关统计，迄今为止，全国在最高法院和在司法行政机构登记的知识产权司法鉴定机构共有50余家。

　　但是，由于知识产权司法鉴定并没有被纳入到《全国人大常委会关于司法鉴定管理问题的决定》之中进行管理，国务院司法行政部门与最高人民法院、最高人民检察院也并没有对知识产权(包括商业秘密)鉴定业务的鉴定人和鉴定机构实行登记管理的事项出台详细统一的规定，因此从事商业秘密鉴定的机构和人员缺乏行业公认的统一的准人标准和条件。而且，目前这类鉴定机构也没有建立相应的行业自律机构和制度，缺乏领导和管理，处于各自为战的状态。

　　由于控辩双方的立场不同，各自都会想方设法寻求不同的鉴定机构，以提出有利于自己的鉴定结论，这样导致同一个案件出现多份鉴定结论，而这些鉴定结论经常不具有连贯性和一致性，甚至观点各异，“撞车”现象严重，使法官无所适从。另外，有些资质较差的鉴定机构往往内部没有严格的管理机制，对于鉴定事项经常不认真对待，草草了事，甚至还出现“受人钱财，替人消灾”的现象，迎合委托人的需要作出虚假鉴定结论。这种情形的危害是不言而喻的：一是让鉴定结论的可信力和公信度得到削弱，损害整个鉴定行业的形象;二是严重损害司法公正和法律，甚至还会导致冤假错案昀产生;三是产生“劣币驱逐良币”现象，劣质的司法鉴定更能迎合委托人的需要，更易大行其道。

　　从目前鉴定机构的组织人员来看，鉴定机构内部只有工作人员和极少数专职鉴定人员，他们主要承担鉴定的组织和协调工作，而鉴定人员主要有由两部分组成：一是与鉴定机构存在长期合作关系的各个技术领域的专家;二是针对具体的技术领域，由鉴定机构临时聘请的相应行业的技术专家，如前面案例中，辩方所提出异议的其中两名鉴定人就是由鉴定机构临时聘请的。然而，目前法律对于商业秘密司法鉴定人员的资质标准、鉴定能力、职业道德、遴选程序等方面没有统一的要求，主要是由鉴定机构依据个案情况聘请相关人员，然后由当事人或司法机关来认可。正因这样，一方面，导致实践中出现鉴定人员资质各异、良莠不齐;缺乏对鉴定人员相关法律知识和鉴定原则的培训;跨专业鉴定等问题。另一方面，从上述统计情况可以看出，鉴定人员资质授予的缺失，成为商业秘密刑事审判过程中鉴定结论受到质疑的主要原因之一。

　　(四)很多鉴定结论书存在形式瑕疵

　　由于知识产权鉴定机构和鉴定人没有实施统一规范的管理，致使很多鉴定机构出具的鉴定结论在形式上存在各种瑕疵，不符合刑事诉讼鉴定结论的形式要件。例如，有的鉴定结论书没有加盖司法鉴定机构司法鉴定专用章;有的没有鉴定人签名而直接加盖鉴定机构的印章;有的没有在鉴定结论书上签名而只在类似会议纪要的文件上签名;有的没有复核人签名;甚至还有的在鉴定结论中不仅对技术问题作出判断，而且还越俎代庖，对行为性质直接作出司法认定。

　　(五)缺乏统一的技术标准和操作规范

　　侵犯商业秘密案件中，侵权人获取权利人的商业秘密之后，往往会对技术做一些改动或改进，因此需要委托鉴定机构做技术比对，看是否相同。然而，相同的标准是什么，具有多大的相似性才认为是相同的技术，对此我国并没有一个统一的、明确的、可资参照的标准，各鉴定机构往往只是依据其内部标准来进行判断，或者根本就没有标准，完全由鉴定人凭经验判断。在这种情况下，不同的鉴定人对同一个鉴定很有可能作出完全相反的结论。在技术标准缺乏统一性、可比性的情况下，司法鉴定的可信度和公信度就成为一个问题。此外，进行商业秘密鉴定时，应当遵守什么样的操作规范，也没有统一和明确的依据，鉴定机构往往是依据内部规范或个人习惯进行操作，基本上是各行其是。由于缺乏统一的技术标准和操作规范，不同鉴定机构、不同专家就可能得出不同的鉴定结论。这样，不仅导致商业秘密鉴定不能发挥其应有的作用，而且成为多次鉴定和重复鉴定的重要原因之一。

　　(六)当事人在鉴定中的权利没有明确

　　谁有权启动鉴定程序以及决定由谁进行鉴定是司法鉴定中两个非常重要的问题，而鉴定启动程序是司法鉴定的关键程序。根据我国的相关规定，侵犯商业秘密刑事案件中的侦查机关和审判机关均有委托鉴定的权力，民事案件的当事人也有自行委托鉴定的权利，而侵犯商业秘密刑事案件中的当事人，即被告人或被害人无权自行委托鉴定，仅有补充鉴定或重新鉴定的请求权。司法实践中虽然也有被告人自行委托鉴定，但其鉴定结论几乎没有被法院采纳的。这种状况无疑使控辩双方力量失衡，有损程序公正。

　　(七)鉴定程序缺乏当事人的参与

　　这也是目前知识产权刑事案件中委托鉴定所普遍存在的问题。司法机关在委托鉴定时，鉴定一般都仅仅是依据司法机关提供的证据材料进行，而且程序很不透明，基本上是“暗箱操作”，排除了当事人的参与，当事人对鉴定过程没有知情权和参与权，不知道鉴定结论得出的过程和缘由，也不能参与进来提出说明或抗辩。因此，在商业秘密刑事案件中，当事人往往对鉴定结论的公正性和准确性产生怀疑，持有极大异议，导致重复鉴定的出现。另外，“兼听则明，偏听则暗”，鉴定人员仅仅依据司法机关提供的书面证据材料作出鉴定，而缺乏当事人参与的环节，无疑会使鉴定结论的客观真实性大打折扣。例如，在判定技术秘密是否为公知技术时，必须要有被告人的抗辩证据才能作出客观的结论。再如，在判定双方的技术是否相同时，一般由专家采取抽样方式(秘密点的选取)，按照一定的方式选取一定范围的秘密点进行比对，鉴别是否全部相同或者主要、关键、核心技术相同。但专业技术的情况十分复杂，关键、核心技术往往就是在几个甚至一个技术点上，选取秘密点的方式对鉴定结论的准确性至关重要，而如果缺乏当事人的参与，专家对某项技术的秘密点很可能不能完全把握，秘密点的选取方式则很可能出错。